兵马俑的3号坑面积只有平米，相比较一号和二号来说小得多！有学者认为这是古代军事指挥机关，但是如果是军事指挥机关，那么3号坑的统帅是谁？考古至今，人们还没有在三号坑里发现统帅的痕迹！
但是从种种出图的兵器，包括马车，都应该判定这是一个指挥作战的地方，而且极有可能是重要的指挥部，但是和1号2号坑不同，一号二号能找到明显的阵位，还有将领，唯独三号没有！但是在三号坑的附近，有一个未考古出来的墓室，有学者认为那个墓室估计就是统帅的墓室，但是立马遭到了驳击！
因为该墓室的主人是男是女都未曾知道，怎么能轻易的下次结论，况且在三号坑的南厢房发现了大批动物的尸骸！这更是让三号坑蒙上了神秘色彩！作为指挥部，是不可能堆积动物尸体的，这样安排的目的究竟有何意思？
有学者猜测：这也可能是个祭祀的地方，军队征战以前都要祭祀的，动物作为祭祀的贡品这也是古代人的祭祀方法，这一说法很勉强，因为从位置观摩，祭祀的位置就有些牵强了，祭祀要讲究天人合一，但3号坑显然并没有！
多数学者还是支持3号坑是重要指挥作战中心，而且3号坑的统帅是个非常重要的人物！因为重要才导致他的失踪。对此学术界这样解释：三号坑受到了秦末项羽的烧毁，当时把三号坑的主帅当做主要目标，从今天来看，坑内的68件陶俑，多数被砍了头！而作为统帅，可能被人拿去当战利品了！